1 травня 1576 року новим королем Речі Посполитої було проголошено Стефана Баторія. Посівши трон, Баторій дав урочисте зобов язання укласти угоду з Оттоманською Імперією і кримським ханом, убезпечити Польську державу, приєднати до Литви всі землі, захоплені московськими царями. Головною перешкодою для виконання цих задумів було «козацьке свавілля». Тож Баторій вирішив приборкати лицарів степу, але швидко виявилося, що без козаків уряд Речі Посполитої обійтися не може. Уже наступного року орда знову почала грабувати українські земні, і король звелів Ружинському вирушити проти Туреччини. Ко¬зацький ватажок відрядив 3000 вояків на Чорне море, а сам із рештою війська перейшов Орську лінію, дістався Дону, звідти рушив на Кубань, а потім вогнем і мечем поставив на коліна всю Анатолію і подався до Босфора, де на нього мали чекати раніше відряджені коза¬ки. Козацьке військо перепливло Дунай між Варною і Сілістрією, вийшло в Молдову, розгро¬мило місто Киїію й повернулося до України.
Починаючи саме з нього козацькі ватажки по¬чали ділитися на реєстрових і січових, хоча цей поділ часто виявлявся суто умовним.
До реєстру входило шість тисяч козаків, ще 20 тисяч вважалися «сторожовими». Козацька старшина складалася з обозного, судді, писаря, двох генеральних осавулів, генерального бун-чужного, хорунжого, полковників, сотників і отаманів. Було також утворено трибунал і суди, у власність козацького війська відійшло місто Трахтемирів.
От тільки помиритися з кримським ханом Баторію не судилося, і в 1576 році військо Ру- жинського знову «навідалося в гості» до татар. Козаки оточили Іслам-Кермен — міцну форте¬цю, мури якої могли витримати тривалу облогу. Щоб зруйнувати мур, гетьман звелів зробити
С. Васильківський. «Козак у степу. Тривожні ознаки»
Т. Шевченко. «Дарунки в Чигирині»
підкоп і закласти порохову міну. На жать, міна вибухнула передчасно. Багато запорожців було скалічено, а сам Богдан Ружинський загинув.
Незважаючи на це, козаки продовжу-вали визнавати власні традиції і зако¬ни, а запорозький Низ, як і раніше, ли¬шався місцем, де знаходили притулок знедолені. До того ж, військо гетьмана Ружинського швидко розібралося в при¬чинах подічу на реєстрову і нереєстрову частини. Король бажав, щоб із часом ко¬заками залишилися тільки особи, внесені до реєстру, інших же вояків чекала доля кріпаків.
Це викликало загальне невдоволення, яке Баторій угамовував дрібними по-ступками. Король своїм коштом збуду¬вав нову гетьманську резиденцію — міс¬то Батурин, підняв престиж військової старшини, сформувавши таким чином козацьку верхівку, відірвану від простого народу і віддану гетьманам.