У «Довіднику українських прізвищ» (К., «Радянська школа», 1969), прізвища Чорнушенко немає, але є прізвище Чорнуха (с. 238), від якого, безперечно, утворилося прізвище, що нас цікавить (Чорнуха; кінцеве х основи чергується з ш, додається суфікс -енк- і закінчення -о).
Написання о після ч в прізвищі Чорнушенко таке ж закономірне, як у слові чорний. Як відомо, після ж, ч, ш, щ, дж, й перед твердим приголосним, а також перед складами з а, о, у та и (яке походить з давнього ы пишеться о (пор. ще приклади: жонатий, але женити, пшоно, але пшениця – див. «Український правопис» (К., Вид-во АН УРСР, 1960, с. 17).